潔凈棚的壓差是控制污染的有效手段:
每個潔凈棚投入使用前，都應按照設計要求的自凈時間來制定凈化空調機組提前開啟的時間。按照潔凈棚的使用特點，自凈時間在設計時已確定。凈化空調設備管理人員應在這個時間以前開啟機組(對于有值班風機的系統，這一時間可以短一點;對于無值班風機的系統，這一時間則需要長一點)。
潔凈棚的壓差可維持整個潔凈區空氣的壓力梯度，保證空氣從高潔凈度區域流向低潔凈度區域，或按指定的方向流動，是控制污染的有效手段。在制藥企業及負壓病房等潔凈室，該壓差也是控制交叉污染的有效措施。這種有序的空氣流動，可確保各凈化棚的潔凈度及細菌數滿足要求。潔凈棚壓差控制是靠自動控制系統對室內送風量、回風量和排風量的監控及調節來完成的。
當潔凈棚的送風量大于排風量和回風量之和時，室內呈正壓，凈化棚內空氣會經門縫等處向鄰室或走廊滲透。這樣，就可以抵御低壓區空氣中微粒的滲入，這是正常的運行工況。
